Theo quy hoạch, quận 9 có tổng diện tích 11.389,62 ha, có chức năng là khu dân dụng thương mại - dịch vụ, du lịch, văn hóa, đào tạo giáo dục và tiểu thủ công nghiệp cấp khu vực và thành phố, là một phần đô thị khoa học công nghệ của thành phố.

Quận 9 có 3 khu trung tâm chính làm hạt nhân ảnh hưởng đến các vùng kiến trúc cảnh quan đô thị như sau:

Khu trung tâm thương mại dịch vụ đa năng cấp khu vực: quy mô khoảng 93 ha tại phường Long Bình. Là trung trung tâm thương mại dịch vụ đa năng cấp khu vực, tập trung hệ thống các công trình cao tầng đa năng và dịch vụ công cộng.

Khu trung tâm thương mại dịch vụ phía Đông thành phố: quy mô khoảng 140 ha tại phường Trường Thạnh và phường Long Trường. Khu vực tập trung hệ thống các công trình cao tầng đa năng và dịch vụ công cộng, chức năng tương tự 1 đô thị vệ tinh.

Khu dân cư và trung tâm hành chánh quận 9: quy mô khoảng 136 ha tại phường Trường Thạnh và phường Long Trường. Đây là khu vực có nền đất tương đối cao, ít sông rạch. Tập trung các công trình công cộng cấp quận về hành chánh, văn hóa, thể dục thể thao, y tế, giáo dục, thương mại dịch vụ.

Cơ cấu sử dụng đất và các phân khu chức năng được bố trí như sau:

Khu các đơn vị ở hiện hữu ổn định chỉnh trang: vị trí phía Tây Bắc của quận, giới hạn từ Xa lộ Hà Nội đến sông Rạch Chiếc và khu công nghệ cao (bao gồm các khu dân cư tại phường Phước Bình, phường Phước Long A, phường Phước Long B, phường Tăng Nhơn Phú A, phường Tăng Nhơn Phú B, phường Hiệp Phú, phường Tân Phú, phường Long Thạnh Mỹ).

Khu các đơn vị ở xây dựng, phát triển mới: vị trí phần còn lại của quận 9 (bao gồm các khu dân cư tại phường Phú Hữu, phường Long Trường, phường Trường Thạnh, phường Long Bình và phường Long Phước).

Khu trung tâm dịch vụ đa năng cấp khu vực (khu đô thị mới GS): quy mô khoảng 97 ha, vị trí tại phường Long Bình.

Khu trung tâm thương mại dịch vụ đa năng phía Đông thành phố (khu đô thị mới Tam Đa): quy mô khoảng 140 - 150 ha, vị trí tại phường Trường Thạnh và phường Long Trường.

Quy hoạch các tuyến giao thông đường bộ đối nội trên cơ sở các tuyến đường chính hiện hữu dự kiến nâng cấp, mở rộng (đường Long Phước, đường Nguyễn Xiển, đường Nguyễn Duy Trinh, đường Đỗ Xuân Hợp, đường Lê Văn Việt, đường Lã Xuân Oai, đường Hoàng Hữu Nam, đường Nguyễn Văn Tăng, đường Bưng Ông Thoàn, đường Long Thuận, đường Tam Đa, đường Dương Đình Hội...) kết hợp với việc xây dựng mới các tuyến đường chính, đường liên khu vực như đường Long Phước nối dài, đường D1, D2 khu Công nghệ cao, đường Lã Xuân Oai nối dài, đường Bưng Ông Thoàn nối dài, đường Long Thuận nối dài, đường Tam Đa nối dài, đường Dương Đình Hội nối dài, đường Long Phước 1, 2, 3, 4, 5, đường dọc sông, đường liên phường nối dài và một số tuyến khác.

Nằm về phía Đông của TP.HCM, Quận 9 được bao bọc toàn bộ bởi sông Đồng Nai có phía Đông giáp TP.Biên Hòa và huyện Long Thành, tỉnh Đồng Nai; phía Tây giáp quận 2 qua sông Rạch Chiếc, rạch Bà Cua và đường Tân Lập; phía Nam giáp huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai qua sông Đồng Nai; phía Bắc giáp quận Thủ Đức qua Xa lộ Hà Nội.