Theo quy hoạch được duyệt, quận Thốt Nốt có tổng diện tích khoảng 12.163,89ha, dân số đến năm 2030 là 150.000 - 160.000 người; dân số đến năm 2050 là 320.000 người.

Quận Thốt Nốt được quy hoạch thành khu đô thị trung tâm công nghiệp chế biến nông sản, thủy sản và công nghiệp phụ trợ; trung tâm kho vận cấp vùng; trung tâm thương mại - dịch vụ của thành phố và cấp vùng; phát triển du lịch sinh thái cảnh quan trên sông Hậu và các khu ở sinh thái gắn với nông nghiệp đô thị.

Thốt Nốt còn là đầu mối giao thông gắn với các trục giao thông về đường bộ và đường thủy, bao gồm tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi qua cầu Vàm Cống, Quốc lộ 91 và Quốc lộ 80, tuyến sông Hậu và kênh Cái Sắn; định hướng phát triển khu cảng biển, khu công nghiệp đa ngành, gắn với Quốc lộ 80 và tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi, kết nối với thành phố Long Xuyên, các khu, cụm công nghiệp lân cận của tỉnh An Giang, Đồng Tháp nhằm tạo thành vùng công nghiệp tập trung lớn của vùng Đồng bằng sông Cửu Long.

Toàn quận Thốt Nốt được phân làm 02 vùng chức năng (vùng phát triển đô thị - công nghiệp và vùng phát triển nông nghiệp đô thị - du lịch sinh thái), với 06 phân khu quy hoạch (được giới hạn bởi các tuyến đường trục chính đô thị) để kiểm soát phát triển.

Phân khu TN-01: diện tích khoảng 890,50ha; dân số đến năm 2030 là 35.000 người, đến năm 2050 là 50.000 người; chức năng là trung tâm công nghiệp, khu ở mới kết hợp các khu dân cư hiện hữu cải tạo dọc đường Quốc lộ 91 và Quốc lộ 80 hiện hữu,...

Phân khu TN-02: diện tích khoảng 655,80ha; dân số đến năm 2030 là 20.000 người, đến năm 2050 là 24.000 người; chức năng là khu ở mới, khu hỗn hợp kết nối mở rộng khu vực trung tâm hiện hữu, gắn với vùng bảo vệ cảnh quan sinh thái phía Nam đô thị (Vườn cò Bằng Lăng).

Phân khu TN-03: diện tích khoảng 410,60 ha; dân sổ đến năm 2030 là 30.000 người; dân số đến năm 2050 là 40.000 người; chức năng là khu đô thị trung tâm hiện hữu với định hướng cải tạo chỉnh trang lõi trung tâm kết hợp xây dựng mới mở rộng đến tuyến đường tránh hiện hữu.

Phân khu TN-04: diện tích khoảng 390,20ha; dân số đến năm 2030 là 25.000 người, năm 2050 là 35.000 người; chức năng là khu vực trung tâm hiện hữu quận Thốt Nốt, với định hướng cải tạo chỉnh trang và dự kiến mở rộng không gian về phía Đông Nam dọc theo sông Hậu và đường tỉnh 920.

Phân khu TN-05: diện tích khoảng 2.150,35 ha; dân số đến năm 2030 là 35.000 người năm 2050 khoảng 40.000 người; chức năng là khu vực có đặc trưng sinh thái cù lao trên sông Hậu với nhiều công trình di tích, làng nghề truyền thống, công trình văn hóa tâm linh,... Khu vực phát triển du lịch sinh thái. Khuyến khích hình thành các làng nghề, làng du lịch cộng đồng mang đặc trưng vùng sông nước miền Tây Nam Bộ. Hình thành khu dịch vụ du lịch sinh thái nông nghiệp. Phát triển loại hình nhà ở mật độ thấp (biệt thự, nhà vườn) thấp tầng kết hợp cảnh quan sinh thái tự nhiên: vườn rau, cây ăn quả, vùng nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Phân khu TN-06: diện tích khoảng 6.150,70ha; dân số đến năm 2030 là 80.000 người, năm 2050 là 100.000 người; chức năng là khu vực có đặc trưng về cảnh quan sinh thái tự nhiên, phát triển du lịch sinh thái. Khuyến khích hình thành các làng nghề, làng du lịch cộng đồng mang đặc trưng vùng sông nước miền Tây Nam Bộ. Phát triển loại hình nhà ở mật độ thấp (biệt thự, nhà vườn) thấp tầng kết hợp cảnh quan sinh thái tự nhiên: vườn rau, cây ăn quả, vùng nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Về giao thông đường bộ gồm: Trục nối Quốc lộ 80 – Quốc lộ 91, lộ giới 80m, gắn kết khu quy hoạch với các vùng kế cận; đường Lộ Tẻ - Rạch sỏi là một đoạn của tổng thể tuyến đường Hồ Chí Minh lộ giới 80m; Quốc lộ 91 có lộ giới 80m, trong đó: đoạn từ ranh Ô Môn đến giao với đường tránh Thốt Nốt sẽ tổ chức thành 2 nhánh đường đi dọc theo 2 bên bờ kênh hiện hữu có lộ giới 40m và đoạn từ giao với đường tránh Thốt Nốt đến Quốc lộ 80 có lộ giới 46m; tuyến Quốc lộ 80 hiện hữu có lộ giới 24m. Hình thành mối liên hệ vận tải chính giữa khu quy hoạch với các quận, huyện và vùng lân cận.