Theo đồ án quy hoạch, Khu Bến Đầm có tổng diện tích 241,82 ha, quy mô dân số khoảng 3.000 người. Khu Bến Đầm được quy hoạch thành đô thị cảng biển sầm uất và năng động. Một điểm đu lịch đặc sắc, hấp dẫn, phát triển gắn liền với văn hóa bản địa và bảo tồn môi trường cảnh quan biển, rừng.

Toàn bộ khu vực quy hoạch được phân thành 2 phân khu chính: Các khu ngoài ranh giới vườn quốc gia Côn Đảo và Các khu trong ranh giới vườn quốc gia Côn Đảo.

* Phân khu ngoài ranh giới vườn quốc gia Côn Đảo gồm 5 khu:

Khu 1a - Khu dân cư Bến Đầm có diện tích 61,47 ha, quy mô dân số 2.440 người. Bao gồm các khu dân cư, khu du lịch, các tiện ích công cộng và trung tâm thương mại tập trung. Phía Bắc là khu làng chài kết hợp dịch vụ du lịch.

Khu 1b - Khu dịch vụ đô thị bến du thuyền có diện tích 46,22 ha, bố trí tại khu vực mũi phía Bắc khu Bến Đầm, có khu du thuyền, công trình thủy cung tiêu chuẩn quốc tế cùng với câu lạc bộ bơi thuyền, lặn biển, nhà hàng và khách sạn cao cấp hướng biển. Tại khu vực phía Đông Bắc tuyến đường Bến Đầm cũng bố trí khu biệt thự ven đồi nhằm khai thác vị trí có tầm nhìn ra biển phục vụ cho hoạt động du lịch nghỉ dưỡng, phía Tây Nam bố trí các biệt thụ du lịch nổi có bến đậu thuyền nhỏ.

Khu 3 - Khu cảng Bến Đầm và các dịch vụ đi kèm có diện tích 89,23 ha, dân số 560 người. Khu cảng Bến Đầm phát triển trên cơ sở cải tạo và nâng cấp cảng Bến Đầm hiện tại. Khu vực này sẽ phát triển nhiều khu chức năng, bao gồm các hoạt động xúc tiến du lịch, thương mại, dịch vụ hậu cần cảng, công nghiệp nhỏ, kho bãi hàng hóa, dịch vụ nghề cá, dịch vụ thủy sản sử dụng công nghệ cao... Phát triển khu kinh doanh hỗn hợp (bao gồm nhà nghỉ, khách sạn và các dịch vụ khác) tại khu vực phía Đông Bắc khu cầu cảng chính và khu vực ven đường Bến Đầm. Khu vực phía Tây Bắc bố trí cụm các xí nghiệp sản xuất và các công trình dịch vụ hậu cần cảng.

Khu 4 - Khu an ninh quốc phòng có diện tích 9,6 ha.

Khu 5 - Khu dự trữ phát triển có diện tích 2,8 ha được bố trí ở giữa khu cảng Bến Đầm và khu đô thị dịch vụ Bến Đầm.

* Phân khu trong ranh giới vườn quốc gia Côn Đảo có tổng diện tích là 32,5 ha bao gồm 6 khu. Trong đó có 5 khu được đề xuất khai thác phát triển du lịch và 1 khu xử lý chất thải rắn và nghĩa trang phục vụ toàn đảo.