Theo thiết kế được duyệt, Bến xe Yên Sở sẽ có 4 tầng, (3 nổi, 1 hầm). Trong đó tầng hầm rộng khoảng 5.000m2 được dùng làm gara trông giữ xe cho hành khách. Trung tâm bến được thiết kế 1 tòa nhà hình tròn, gồm 3 tầng, diện tích 2.000m2. Trong đó, tầng 1 là nơi bán vé và showroom cho thuê, tầng 2 sẽ kinh doanh đồ ăn nhanh.

Phối cảnh Bến xe Yên Sở.

Đây sẽ là bến xe khách hiện đại nhất cả nước; khép kín từ khu vực đón khách, trả khách, xe xếp nốt chờ tài đến khu vực bán vé. Hầu hết các công đoạn tại bến xe sẽ tự động hóa, như kiểm soát xe ra vào bến bằng công nghệ, các bảng đèn Led hiển thị thông tin về chuyến xe, giờ xuất bến, cửa đón khách, hay khu vực xe buýt, khu vực taxi…

Tại đồ án Quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe, trung tâm tiếp vận và trạm dừng nghỉ trên địa bàn TP.Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 đang được Sở GTVT và Viện QHXD Hà Nội lập thì Bến xe Yên Sở tiếp tục được quy hoạch là bến xe khách liên tỉnh trung hạn với chức năng hỗ trợ, giảm tải cho 3 bến xe: Giáp Bát, Nước Ngầm, Gia Lâm.

Sở GTVT Hà Nội cho biết, trong giai đoạn trước mắt,sau khi đầu tư xong Bến xe khách Yên Sở và Bến xe khách Cổ Bi sẽ tổ chức nghiên cứu điều chuyển các tuyến xe khách liên tỉnh đang khai thác tại Bến xe Giáp Bát về 2 bến xe này nhằm giảm tải áp lực giao thông cho tuyến Quốc lộ 1A hiện nay (Bến xe Giáp Bát sẽ chuyển đổi chức năng thành đầu mối trung chuyển vận tải hành khách công cộng kết hợp bãi đỗ xe).