Theo quy hoạch ban đầu, Khu công nghiệp Phong Phú nằm trên trục lộ Nguyễn Văn Linh, kết nối với Khu đô thị mới Phú Mỹ Hưng, nếu thu hút các ngành công nghiệp sẽ gây ảnh hưởng về tiếng ồn, ô nhiễm môi trường đối với khu đô thị này và dân cư trong khu vực.

Do đó, vào tháng 8/2013, Thành phố đã đề xuất điều chỉnh quy hoạch khu công nghiệp này là khu phức hợp công nghệ cao nhằm thu hút các ngành công nghệ cao, công nghiệp phần mềm, công nghiệp sạch không gây ô nhiễm môi trường và thu hút công nhân có trình độ cao.

Ngoài ra, trong khu công nghiệp sẽ dành một phần đất cho các khu dịch vụ như nhà ở chuyên gia, sàn giao dịch công nghệ, nhà ở công nhân, siêu thị, bệnh viện…