Theo đó, đối với các hoạt động kinh doanh, chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế là giá chuyển nhượng bất động sản - giá đất được trừ để tính thuế GTGT. Trường hợp được Nhà nước giao đất để đầu tư cơ sở kinh doanh hạ tầng xây dựng nhà để bán, giá đất được trừ để tính thuế GTGT bao gồm: Tiền sử dụng đất phải nộp NSNN (không kể tiền sử dụng đất được miễn, giảm) và chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định của pháp luật.

Theo Tổng cục Thuế, với trường hợp đấu giá quyền sử dụng đất của Nhà nước, giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất trúng đấu giá. Với trường hợp thuê đất để xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, để cho thuê thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là tiền thuê đất phải nộp NSNN và chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng. Cụ thể, trường hợp kinh doanh được Nhà nước cho thuê đất theo hình thức nộp tiền hàng năm hoặc 5 năm/lần, sau khi đầu tư cơ sở kinh doanh đã ký hợp đồng cho thuê lại đất và thu tiền 1 lần, việc cho thuê lại đất của cơ sở kinh doanh phù hợp quy định của pháp luật về đất thì giá đất được trừ khi xác định giá tính thuế GTGT là giá thuê đất nộp Nhà nước 1 năm x thời gian cho thuê lại. Trường hợp nhà nước điều chỉnh lại đơn giá cho thuê đất thì cơ sở kinh doanh được điều chỉnh lại giá đất được trừ cho thời gian còn lại cho thuê.

Đối với trường hợp cơ sở kinh doanh thuê đất của cơ sở kinh doanh có chức năng kinh doanh cơ sở hạ tầng để cho thuê lại, việc cho thuê lại đất của cơ sở kinh doanh phù hợp với quy định của pháp luật về đất thì giá đất được trừ khi xác định giá tính thuế GTGT là giá thuê trả cho cơ sở có chức năng kinh doanh cơ sở hạ tầng tính cho thời gian cho thuê lại.

Liên quan về giá đất được trừ trong trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân, hiện Tổng cục Thuế nhận được nhiều đề xuất, kiến nghị của cơ quan Thuế địa phương cần chính sách thuế để “kích cầu” thị trường nhà ở. Đơn cử như Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đề xuất phương án nếu quy định gía đất được trừ là giá đất do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng nhận chuyển nhượng thì người mua tiếp theo ở các khâu sau vẫn chỉ được trừ giá đất này.

Trên cơ sở đó, Tổng cục Thuế kiến nghị với Bộ Tài chính, trường hợp cơ sở kinh doanh nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân thì giá đất được trừ để tính thuế GTGT là giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng sử dụng đất bao gồm cả giá trị cơ sở hạ tầng (nếu có); cơ sở kinh doanh không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng đã tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Nếu giá đất được trừ không bao gồm giá trị cơ sở hạ tầng thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở hạ tầng chưa tính trong giá trị quyền sử dụng đất được trừ không chịu thuế GTGT. Với trường hợp không xác định được giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng thì giá đất do UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm ký hợp đồng chuyển nhượng.

Tổng cục Thuế đề xuất với Bộ Tài chính về các trường hợp DN kinh doanh bất động sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đồng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở… để bán thì giá đất được trừ khi tính thuế GTGT là giá đất nông nghiệp nhận chuyển nhượng từ người dân và các chi phí khác bao gồm: Khoản tiền sử dụng đất nộp NSNN để chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở; Thuế thu nhập cá nhân nộp thay người dân có đất chuyển nhượng (nếu các bên có thỏa thuận DN kinh doanh bất động sản nộp thay).

Ngoài ra, các trường hợp xây dựng, kinh doanh cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà ở để bán, chuyển nhượng hoặc cho thuê, giá tính thuế GTGT là số tiền thu được theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng.