Khó khăn hiện nay với dự án này là công tác GPMB vẫn còn nhiều vướng mắc. Việc di dời hạ tầng kỹ thuật khu vực chân cầu thang các ga dự kiến phải đến tháng 11/2014 mới hoàn thành. Tại quận Đống Đa vẫn còn vướng mặt bằng 72 hộ dân thuộc phường Cát Linh và Ô Chợ Dừa.

Ông Trương Quang Thiều, Trưởng Ban Chỉ đạo GPMB TP. Hà Nội cho biết: "Chúng tôi đã làm rất quyết liệt để GPMB nhưng cũng rất khó khăn. Hiện 46/72 hộ đã nhận tiền đền bù GPMB nhưng chưa chịu di dời do nhiều lý do. 26 hộ dân còn lại rất khó, chưa nhận tiền và đưa ra nhiều kiến nghị về giá đền bù cũng như thêm các phần hỗ trợ khác. 26 hộ dân này tập trung chủ yếu ở mặt đường Giảng Võ, Cát Linh, Hào Nam. Thành phố đã yêu cầu phải rà soát lại toàn bộ thủ tục, giá đền bù, hỗ trợ, nhưng xem ra cũng rất khó khăn. Trong trường hợp không còn cách nào khác thì phải áp dụng biện pháp cưỡng chế GPMB để dứt điểm. Nhưng nếu cưỡng chế cũng phải cuối tháng 11/2014 mới xong".

Về vấn đề này, Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường yêu cầu Ban Quản lý dự án đường sắt làm việc tích cực hơn nữa với các bên liên quan để đẩy nhanh GPMB.

Ông Nguyễn Mạnh Hùng, Quyền Tổng Giám đốc Ban Quản lý dự án đường sắt (Bộ GTVT) cho biết, tính đến ngày 10/10, đã hoàn thành được 310/419 trụ cầu trên toàn tuyến (bằng 74%). Các trụ còn lại chưa thực hiện đều nằm ở cuối tuyến và một số trụ ở ga Cát Linh...

Về tiến độ thi công, ông Hùng cho biết đã hoàn thành thi công kết cấu trụ cầu của 7/12 ga. Tiến độ đúc dầm đạt 3 phiến/1 ngày, lao lắp đạt 4 phiến/1 ngày. Hiện đã lao lắp được gần 300 dầm, đúc được hơn 400 phiến dầm trên tổng số 806 phiến. Dự kiến sẽ hoàn thành toàn bộ công tác thi công xây lắp các trụ cầu khu gian vào cuối quý I/2015. Xong 11/12 ga vào quý III/2015. Riêng ga Cát Linh dự kiến xong vào tháng 12/2015 nếu mặt bằng được bàn giao vào cuối tháng/2014.

Tuy nhiên theo tính toán, tiến độ thi công trụ các khu gian đã chậm 3 tháng, tiến độ đúc và lao lắp dầm chậm 3 tháng và tiến độ thi công các nhà ga đang chậm từ 3 – 6 tháng so với kế hoạch.