Theo đó, UBND tỉnh Quảng Nam đã xác định hàng loạt quy chế bảo vệ khu phố cổ Hội An như, quy định tu bổ, xây dựng; quy định về bảo vệ di sản văn hóa phi vật thể; tổ chức hoạt động tham quan, dịch vụ du lịch; hoạt động kinh doanh, trưng bày, quảng cáo; trật tự an toàn và quản lý tác động rủi ro;…

Tại quy chế Quản lý, phát triển du lịch tại Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm - Hội An, UBND tỉnh Quảng Nam xác định, Quy chế này quy định việc quản lý Nhà nước đối với các hoạt động tham quan, kinh doanh dịch vụ - du lịch tại vùng lõi Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm - Hội An, tỉnh Quảng Nam nhằm bảo tồn đa dạng sinh học từ rừng - biển, các giá trị tài nguyên thiên nhiên, bản sắc văn hóa - lịch sử tại Cù Lao Chàm, thành phố Hội An thông qua các hoạt động du lịch.

Theo đó, nguyên tắc khai thác du lịch tại Cù Lao Chàm phải đảm bảo việc phát triển du lịch bền vững, theo quy hoạch, kế hoạch, phát triển du lịch dựa trên cơ sở bảo vệ và khai thác có hiệu quả các nguồn tài nguyên thiên nhiên từ rừng - biển; không làm ảnh hưởng đến hệ sinh thái, tài nguyên, sinh cảnh của Khu dự trữ sinh quyển; bảo vệ môi trường, bảo tồn và phát huy tốt các giá trị văn hóa truyền thống; khai thác hợp lý các tiềm năng về cảnh quan thiên nhiên và cả những lợi thế so sánh về vị trí địa lý của một xã đảo.

Đồng thời giữ vững an ninh quốc phòng, bảo vệ vững chắc chủ quyền biển đảo, thiêng liêng của Tổ quốc. Công dân Việt Nam, người nước ngoài ra vào các khu vực cấm, khu vực bảo vệ của công trình quốc phòng và khu vực quân sự phải thực hiện theo Điều 5, Quyết định số 160/2004/QĐ-TTg ngày 06/9/2004 của Thủ tướng Chính phủ về việc xác định khu vực cấm, địa điểm cấm.

Đảm bảo sự tham gia của mọi thành phần kinh tế trong hoạt động khai thác dịch vụ - du lịch. Đồng thời, đảm bảo hài hòa lợi ích giữa cộng đồng, du khách và các tổ chức, cá nhân kinh doanh dịch vụ du lịch tại Cù Lao Chàm. Bãi biển, các loại tài nguyên thiên nhiên trên rừng, dưới biển, di sản văn hóa là tài sản quốc gia. Khách du lịch và cộng đồng dân cư trên đảo có quyền được hưởng lợi qua việc tham quan du lịch nhưng không làm tổn hại đến tài sản đó,…

Trước đó, năm 2017, dư luận Quảng Nam xôn xao về thông tin Dự án Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm sẽ tác động đến cảnh quan, hệ sinh thái, an ninh quốc phòng tại khu dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm.

Thời điểm ấy, nhiều ý kiến cho rằng, cần xem xét lại việc Quảng Nam ban hành Quyết định số 3337/QĐ-UBND ngày 20 tháng 11 năm 2006 về việc phê duyệt nội dung Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm, xã Tân Hiệp, thị xã Hội An, tỉnh Quảng Nam có đúng thẩm quyền hay không. Bên cạnh đó, nhiều ý kiến còn cho rằng, Quảng Nam cần xem xét trình Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt lại Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An, tỉnh Quảng Nam nếu dự án có điều chỉnh, thay đổi,…

Ngay sau khi nhận được ý kiến từ dư luận, UBND tỉnh Quảng Nam đã tổ chức họp các sở ngành có liên quan, và sau đó lên tiếng cho rằng, dự án Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm đã thực hiện đầy đủ các thủ tục pháp lý theo quy định của pháp luật.

Tuy nhiên, đến ngày 5/12/2018, ông Huỳnh Khánh Toàn (thời điểm này là Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam) đã ký Quyết định số 3646/QĐ-UBND về việc Phê duyệt điều chỉnh cục bộ Quy hoạch chi tiết (1/500) Tổng mặt bằng Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An.

Theo đó, điều chỉnh quy mô lập quy hoạch từ 2.592.230m2 thành 260.371,2m2 , bao gồm: quy mô đất thuê theo Quyết định số 1493/QĐ-UBND ngày 27/4/2017 là 258.821,2m2 và quy mô thuê đất theo Quyết định số 3462/QĐUBND ngày 15/11/2018 là 1.550m2,…

Sau đó, ngày 10/12/2019, ông Lê Trí Thanh – Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam ký Quyết định Số 4018 /QĐ-UBND về việc Phê duyệt điều chỉnh, bổ sung một số nội dung Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An, tỉnh Quảng Nam.

Theo đó, phạm vi Dự án được điều chỉnh theo Quyết định số 1493/QĐ-UBND ngày 27/4/2017 của UBND tỉnh về điều chỉnh diện tích cho Công ty Cổ phần Thương mại – Du lịch – Đầu tư Cù Lao Chàm thuê đất tại Quyết định số 5007/QĐ-UBND 2 ngày 02/12/2004; Quyết định số 3462/QD- UBND ngày 15/11/2018 của UBND tỉnh về việc thu hồi đất cho Công ty Cổ phần Thương mại – Du lịch – Đầu tư Cù Lao Chàm thuê đất để đầu tư xây dựng Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An và điều chỉnh cục bộ Quy hoạch chi tiết (1/500) tổng mặt bằng Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An tại Quyết định số 3646/QĐ-UBND ngày 05/12/2018.

Diện tích đất sử dụng của Dự án được điều chỉnh giảm diện tích từ 2.592.230 m2 xuống còn 260.371,2 m2. Số lượng hạng mục công trình phục vụ được điều chỉnh giảm từ 70 căn biệt thự xuống còn 42 căn, bao gồm 37 căn biệt thự có phòng lưu trú và 05 căn phục vụ các loại hình dịch vụ khác tại Dự án, nội dung chi tiết được thể hiện tại Báo cáo điều chỉnh, bổ sung Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án. Quy mô số lượng du khách phục vụ là 148 người (không phục vụ khách vãng lai),…

Về quy hoạch, bố trí các hạng mục công trình của Dự án được điều chỉnh theo Quyết định số 3646/QĐ-UBND ngày 05/12/2018 của UBND tỉnh về điều chỉnh cục bộ Quy hoạch chi tiết (1/500) tổng mặt bằng Khu du lịch sinh thái biển Cù Lao Chàm tại xã Tân Hiệp, thành phố Hội An, nội dung chi tiết được thể hiện tại Báo cáo điều chỉnh, bổ sung Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án,….