Theo Bộ Xây dựng, việc đầu tư xây dựng trụ sở mới thuộc thẩm quyền quyết định đầu tư của Bộ GTVT. Do hình thức đầu tư là mua bán trụ sở, nên GTVT ủy quyền thực hiện lập, phê duyệt dự án đầu tư xây dựng cho Công ty Cổ phần Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành (Công ty Hợp Thành).

Trụ sở hiện nay của Bộ GTVT nằm trên khu dất vàng 80 Trần Hưng Đạo.

Gần đây, Bộ GTVT đã phê duyệt phương án kiến trúc mặt đứng và mặt bằng. Thiết kế cơ sở của công trình đã được Bộ Xây dựng góp ý kiến. Thiết kế kỹ thuật của công trình đã được Cục Quản lý hoạt động xây dựng - Bộ Xây dựng thẩm tra. Bộ Tài chính đã có văn bản về việc thỏa thuận tiêu chuẩn, định mức trụ sở làm việc của Bộ GTVT.

Trước đó, Bộ GTVT đã có quyết định về việc triển khai thực hiện hợp đồng mua bán trụ sở làm việc mới. Theo đó, Bộ GTVT ký kết hợp đồng mua bán trụ sở làm việc với Công ty Hợp Thành, giao cho Công ty này làm chủ đầu tư. Nguồn vốn thực hiện dự án do chủ đầu tư ứng trước và được hoàn trả bằng nguồn chuyển nhượng tài sản trên đất và quyền sử dụng đất do Bộ này đang quản lý. Dự kiến, trụ sở mới của Bộ Giao thông Vận tải ở Mỹ Đình, quận Nam Từ Liêm (Hà Nội).

Dự án đầu tư xây dựng trụ sở mới của Bộ GTVT đã được Thủ tướng đồng ý về chủ trương đầu tư với các nội dung: Đồng ý về nguyên tắc trong việc chuyển đổi hình thức đầu tư trụ sở làm việc từ hình thức xây dựng - chuyển giao sang mua bán trụ sở làm việc. Đồng ý để Bộ được bán chỉ định tài sản trên đất và quyền sử dụng đất tại khu đất vàng 80 Trần Hưng Đạo, quận Hoàn Kiếm (Hà Nội) để lấy kinh phí đầu tư trụ sở mới.