Qua thanh tra, tỉnh Phú Yên phát hiện một số địa phương chưa thực hiện đúng thời gian lập quy hoạch sử dụng đất, chậm công bố niêm yết công khai quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất; một số dự án chưa hoàn chỉnh các thủ tục liên quan để được cho thuê đất và tiến hành triển khai thực hiện dự án, chậm nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, chưa ký lại hợp đồng thuê đất khi đã quá thời hạn 5 năm; việc theo dõi, thống kê về đất đai ở địa phương chưa được chặt chẽ, tài liệu lưu trữ hồ sơ chưa đầy đủ, giấy chứng nhận quyền sử dụng đất sai về diện tích, sai thửa đất trích lục, giao đất không đúng đối tượng...

Tổng số tiền sai phạm là 60,5 tỷ đồng và hơn 40.000 m2 đất các loại được giao, cấp và sử dụng không đúng mục đích, quy định. Tuy nhiên, số tiền sai phạm được thu hồi chỉ là hơn 2,1 tỷ đồng.