Giếng trời là nơi đón ánh sáng và gió, vì vậy, giếng trời cũng phải đón được cả khí tốt. Do đó, giếng trời phải hợp phong thủy là điều nên làm. Ngoài việc giếng trời đón được khí tốt thì hình dáng cũng phải hài hòa với ngũ hành tương sinh với ngôi nhà.

Một giếng trời hợp phong thủy là phải được đặt ở những cung tốt, ví dụ nhu cung Tài lộc, Thiên mạng. Giếng trời thì không có hướng cụ thể tuy nhiên, khi đặt giếng trời người ta kiêng không đặt hướng bắc của ngôi nhà.

Việc kết hợp giếng trời và tiểu cảnh phía dưới có tác dụng kích hoạt luồng sinh khí thu được từ giếng trời sẽ rất tốt.

Một vài trường hợp không thể đặt giếng trời ở trung cung thì người ta sẽ đặt ở những cung khác cho hợp phong thủy hơn như: Một ngôi nhà bị xiên thì người ta sẽ thường đặt giếng trời ở góc đó để sửa chữa được góc khuyết này.

Một vài nguyên lý cần lưu ý: Giếng trời phải tuân theo luật âm dương; giếng trời phải tuân theo luật ngũ hành để tương sinh với hình thể ngôi nhà.

Nếu giếng trời đặt ở phòng ăn thuộc mộc thì có thể dùng cây cảnh, suối nước để có mộc và thủy tương sinh; Nếu mở giếng trời tương sinh thông thoáng cho phần bếp thì nên bố trí dạng ống, thẳng đúng mộc sinh hỏa trên đỉnh phải có mái che.