Theo đó, công tác BTGPMB thực hiện chậm, đến nay còn một số dự án dù đã triển khai BTGPMB từ năm 2002, 2003, 2004 nhưng vẫn chưa xong; một số dự án thực hiện xong BTGPMB thì chưa tiến hành quyết toán.

Tại Dự án Trường Đại học Cảnh sát, Dự án Trường Đại học Sài Gòn, Dự án hạ tầng kỹ thuật chính Khu dân cư và Công nghiệp sạch Tân Thuận Đông có đến 205 hồ sơ bồi thường không có phiếu tự kê khai của các hộ dân có đất bị thu hồi, 127 hồ sơ không ban hành quyết định bồi thường thiệt hại, 92 trường hợp có quyết định cưỡng chế buộc giao đất vào năm 2005 – 2007 nhưng đến tháng 9-2008 mới ban hành quyết định hủy bỏ giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, 92 quyết định áp giá bồi thường và hỗ trợ thiệt hại đối với các hộ dân không có điều khoản quy định thời hiệu khiếu nại, 1 hộ được hoán đổi đất với tổng diện tích đất nền là 582m² – lớn hơn gấp hai lần hạn mức đất ở (theo quy định là 250m²), thực hiện đền bù diện tích ngoài ranh khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép với tổng diện tích 8.651,6m²…

Ngoài ra, tuy ký hợp đồng thực hiện công tác đền bù giải tỏa với chủ đầu tư các dự án ngoài ngân sách nhưng Ban BTGPMB quận 7 lại thiếu trách nhiệm trong việc hướng dẫn chủ đầu tư lập hồ sơ đền bù cho các hộ dân, dẫn đến hầu hết các hồ sơ đều không tuân thủ đầy đủ về trình tự, thủ tục, theo quy định. Những sai phạm, thiếu sót trên thuộc trách nhiệm của Trưởng ban BTGPMB quận 7 và Chủ tịch UBND quận 7 thời kỳ 2003 – 2010.

Là chủ đầu tư công tác BTGPMB và bố trí tái định cư Dự án Trường Đại học Cảnh sát, Ban quản lý Khu Nam đã vi phạm nguyên tắc về quản lý và sử dụng vốn ngân sách Nhà nước khi không thực hiện báo cáo quyết toán kinh phí bồi thường hàng năm của dự án. Bên cạnh đó, khi giao đất cho Trường Đại học Tôn Đức Thắng trên diện tích ban đầu của Trường Đại học Sài Gòn, Ban quản lý Khu Nam đã giao phần lớn diện tích đất mặt tiền đường Nguyễn Hữu Thọ cho Trường Đại học Tôn Đức Thắng, phần đất còn lại giao cho Dự án Trường Đại học Sài Gòn không có đường đi vào.

Đây là nguyên nhân chính khiến Dự án Trường Đại học Sài Gòn đến nay vẫn không thể triển khai xây dựng. Trách nhiệm trên thuộc về Trưởng ban quản lý Khu Nam tại thời điểm xảy ra vụ việc.