Theo kết luận thanh tra đã có hàng loạt sai phạm nổi cộm như phê duyệt điều chỉnh quy hoạch 1/500 không căn cứ vào quy hoạch chi tiết tỉ lệ 1/2000 đã được phê duyệt. Sai phạm về tài chính với tổng số tiền sai phạm được phát hiện qua thanh tra là 1.562,7 tỷ đồng. Cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, quyền sử dụng đất ở khi không đủ điều kiện theo quy định…

Nhiều dự án sau khi điều chỉnh quy hoạch sử dụng đất nhiều lần hoặc được Thành phố chấp thuận cho chuyển đổi mục đích sử dụng đất từ các ô đất quy hoạch ban đầu là đất công cộng, cây xanh... sang mục đích sử dụng là đất ở, dẫn đến làm tăng diện tích đất ở của dự án, nhưng các sở ngành chưa tham mưu cho Thành phố điều chỉnh, bổ sung đối với phần diện tích tăng thêm phải thực hiện nghĩa vụ trích nộp quỹ đất ở, quỹ nhà ở đối với chủ đầu tư.

Cụ thể, Chủ đầu tư Dự án Đầu tư xây dựng văn phòng cho thuê và nhà chung cư cao cấp FLC Landmark Tower, Công ty TNHH MTV FLC Land đã xây dựng 18 căn hộ ở tầng kỹ thuật (áp mái) sử dụng để ở với diện tích 1.160m2 là không phù hợp quy hoạch xây dựng, không đúng giấy phép xây dựng, sử dụng không đúng mục đích. Tuy Thành phố đã thu hồi số lợi bất hợp pháp bằng 50% giá trị phần xây dựng sai phép với số tiền là 11,22 tỷ đồng và chủ đầu tư đã nộp tiền vào ngân sách, đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở cho 18 căn hộ trên. Nhưng đây chỉ là quyết định khắc phục hậu quả cho tồn tại, vì vậy UBND Thành phố cần phải tính tiền sử dụng đất đối với phần diện tích này theo quy định để thu về ngân sách nhà nước.

Đối với tầng 5B, Chủ đầu tư sử dụng sai công năng, Thành phố yêu cầu Chủ đầu tư trả về đúng mục đích sử dụng là tầng kỹ thuật, tuy nhiên đến nay gần 02 năm nhưng Chủ đầu tư chưa thực hiện, vì vậy số tiền sử dụng đất hơn 31 tỷ đồng mà Đoàn thanh tra tạm tính, yêu cầu đơn vị có trách nhiệm nộp về tài khoản tạm giữ của Thanh tra Chính phủ chờ xử lý theo quy định của pháp luật.

UBND Thành phố đã có quyết định giao cho Công ty cổ phần Hữu Nghị Fortika, diện tích 5.048m2 đất tại lô CN1 thuộc Khu phố mới Trung Yên, để triển khai thực hiện Dự án sản xuất công nghiệp lắp ráp điện tử không độc hại từ năm 2004, đến thời điểm thanh tra (sau hơn 11 năm) chưa triển khai thực hiện là vi phạm Luật Đất đai, gây lãng phí nguồn lực về đất đai của nhà nước.

Đối với Dự án Thành phố Giao lưu do Công ty CP Đầu tư xây dựng Quốc tế Vigeba làm chủ đầu tư: Phần diện tích đất thuê gồm các lô đất có ký hiệu: CC; HH; THPT; THCS; NT; P với tổng diện tích khoảng 170.759m2, Thành phố và Chủ đầu tư chưa ký hợp đồng thuê đất và chủ đầu tư chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính, vi phạm Luật Đất đai. Điều chỉnh quy hoạch từ phần quy hoạch đất cách ly, đất cây xanh đã cho cống hóa, xây dựng nhà thấp tấng để bán.

Tổng công ty Viễn thông Quân đội dùng vốn của DNNN để góp vốn đầu tư kinh doanh Dự án CT2, sau khi thoái vốn, lỗ với số tiền 40.638 triệu đồng. Ngày 27/4/2017, Bộ Quốc phòng có Văn bản số 4579/BQP-Kte giải trình bổ sung về khoản lợi nhuận sau thuế thu được từ bán căn hộ của Dự án CT2 với số tiền là 38.440 triệu đồng, nhưng chưa cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan, đơn vị có trách nhiệm cung cấp hồ sơ, tài liệu có liên quan chứng minh cho khoản lợi nhuận 38.440 triệu đồng và chịu hoàn toàn trách nhiệm về tính hợp pháp của số liệu này theo quy định của pháp luật.

Chủ đầu tư đã thực hiện đầu tư xây dựng và bán nhà khi chưa có quyết định giao đất, chuyển đổi mục đích sử dụng đất (từ tháng 6/2007 đến tháng 6/2010) của Dự án khu nhà ở và công trình công cộng tại Cổ Nhuể 2 do Công ty TNHH MTV kinh doanh nhà Hà Nội (Handi Resco) làm chủ đầu tư, vi phạm các quy định của pháp luật về đất đai và Luật Xây dựng.

Ngoài ra, Sở Tài chính là đơn vị không có chức năng thu, quản lý nguồn thu ngân sách, nhưng đã thực hiện việc thu, quản lý và sử dụng các khoản thu với số tiền 2.955,35 tỷ đồng, gồm: Tiền sử dụng đất, tiền chênh lệch giữa giá bán nhà và giá thành xây dựng, khoản thu từ bán nhà chung cư của các dự án khu nhà ở, khu đô thị bàn giao cho Thành phố...

Đồng thời, UBND Thành phố cho phép sử dụng nguồn thu này (từ tài khoản tạm giữ của Sở Tài chính) để chi gồm các nội dung như: Chi hoàn trả vốn điều lệ Quỹ đầu tư phát triển Thành phố, số tiền 400 tỷ đồng; Chi hoàn trả vốn điều lệ Quỹ phát triển đất Thành phố, số tiền 215 tỷ đồng; Chi hoàn trả kinh phí bảo trì 2%, số tiền 44,9 tỷ đồng... là thực hiện không đúng chức năng, không đúng quy định về quản lý ngân sách; vi phạm Luật Ngân sách.

Trước hàng loạt sai phạm, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ, ngành và Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội thực hiện:

Tính tiền sử dụng đất bổ sung đối với phần diện tích xây dựng 18 căn hộ ở tầng kỹ thuật (áp mái) sử dụng để ở với diện tích 1.160m2 sai quy định, nhưng đã được UBND Thành phố xử lý vi phạm tại Dự án Đầu tư xây dựng văn phòng cho thuê và nhà chung cư cao cấp FLC Landmark Tower do Công ty TNHH FLC Land làm chủ đầu tư.

Tính tiền sử dụng đất đối với diện tích 3.249,4m2 đất ở; ký hợp đồng thuê đất và xác định các nghĩa vụ tài chính về thuê đất, đối với diện tích 2.452m2 bãi đỗ xe, nhà trẻ mẫu giáo của Dự án khu nhà ở và công trình công cộng tại Cổ Nhuế 2 do Công ty TNHH MTV kinh doanh dịch vụ nhà Hà Nội (Handi Resco) làm chủ đầu tư, đã bàn giao mốc giới trên thực địa tại Biên bản ngày 18/01/2011.

Đối với Dự án Thành phố Giao lưu do Công ty CP Đầu tư xay dựng Quốc tế Vigeba làm chủ đầu tư, yêu cầu: Kiểm tra, rà soát lại việc điều chỉnh quy hoạch cục bộ sai quy định, để xử lý nghiêm túc; đồng thời xác định tiền sử dụng đất của Dự án theo đúng quy định, thu về ngân sách nhà nước; tiến hành các thủ tục ký hợp đồng thuê đất và tính tiền sử dụng đất đối với phần diện tích đất thuê, gồm các lô đất có ký hiệu: CC, HH, THPT, THCS, NT, P với tổng diện tích khoảng 170.759m2 đất.

Xem xét, xử lý đối với Công ty cổ phần Tập đoàn Hà Đô không phải là chủ đầu tư Dự án, khi xây dựng xong tòa nhà chung cư cao tầng có ký hiệu NO- 10 thuộc khu đô thị mới Dịch Vọng, đã tự ý ký hợp đồng bán căn hộ chung cư cho 341 khách hàng. Xem xét giải quyết để người mua nhà hoàn tất việc cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở theo quy định, tránh phát sinh khiếu kiện.

Tính tiền sử dụng đất bổ sung do xây dựng sai quy hoạch tại khu đô thị Xa La, cụ thể: Lô cây xanh ký hiệu CX6, có diện tích 3.664m2; khách sạn xây vượt so với quy hoạch xây dựng chi tiết 6 tầng (tầng 10-15) và tầng hầm, tại lô đất cây xanh kết hợp dịch vụ (ký hiệu CXDV); toàn bộ diện tích tầng hầm của các toà nhà cao tầng CT1, CT2, CT3 CT4; tính tiền sử dụng đất tại các lô đất cây xanh kết hợp dịch vụ (ký hiệu CXDV) với diện tích là 2.994m2.