Đối với khu vực Thành Cổ Loa, quy hoạch xác định thành 4 khu vực bảo tồn tương ứng với 4 vòng thành:

Khu lõi là khu trung tâm của tòa Thành, tại đây sẽ được bảo tồn nguyên trạng;

Khu vực trung là khu dân cư đang sinh sống, tại đây sẽ tổ chức các dịch vụ phục vụ tham quan, du lịch kết hợp với bảo tồn các giá trị nhân văn;

Khu ngoại sẽ bố trí bảo tàng, các địa điểm tham quan, du lịch;

Khu biên sẽ là nơi trồng các hàng cây xanh với chiều dày 50m để bảo vệ toàn bộ khu di tích, chống sự xâm lăng của quá trình đô thị hóa.

Quy hoạch cũng xác định toàn bộ Khu di tích với tổng diện tích 860 ha thành 3 vùng: Vùng 1 là vùng bảo vệ nghiêm ngặt; vùng 2 là vành đai cảnh quan; vùng 3 là vùng kiểm soát kiến trúc và hoạt động.

Quy hoạch cũng đề xuất phương án phục hồi các hào và vòng thành và phương án di dân phục vụ công tác trùng tu, tôn tạo di tích. Dự kiến giai đoạn 1 sẽ có 720 hộ phải di dời.

Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thế Thảo cho rằng, Quy hoạch cần phải xác định một nguyên tắc mở, để vừa phát huy giá trị trước mắt, vừa có tầm nhìn lâu dài. Trước mắt phải chỉ ra bảo tồn những giá trị nào và lâu dài thì phục dựng những công trình nào.