Theo Bộ Giao thông Vận tải, khởi công từ tháng 4/2009 dự kiến hoàn thành vào tháng 7/2014 nhưng đến nay cả ba gói thầu của dự án xây dựng cầu Nhật Tân và đường dẫn hai đầu cầu đều vẫn đang vướng khâu giải phóng mặt bằng. 
   Đối   với gió thầu số 1, vẫn chưa giải phóng mặt bằng được 0,59ha đất thổ cư   của 25 hộ dân ngoài đê Tả Hồng... Gói thầu số 2 còn tồn tại 1 hộ đất thổ   cư thuộc phạm vi tuyến chính và 2,3ha của 283 hộ đất thổ cư thuộc phạm   vi nhánh hoa thị, đảo cỏ. Gói thầu số 3 còn tồn tại đường điện 110kV   trong phạm vi thi công nút giao Vĩnh Ngọc. 
      |  Thi công tại trụ chính P15 cầu Nhật Tân. Ảnh Huy Hùng- TTXVN.
 | 
  
  UBND   thành phố Hà Nội yêu cầu, huyện Đông Anh phải hoàn thành việc đền bù và   di dời 25 hộ dân gần đê Tả Hồng trước ngày 30/11/2011. Trong trường hợp   người dân không tự nguyện nhận tiền thì huyện phải tổ chức cưỡng chế   đúng thủ tục để bàn giao mặt bằng trước ngày 31/12. Riêng gói thầu số 2   trên địa bàn quận Tây Hồ, quận Tây Hồ cần phải tập trung quyết liệt để   hoàn thành đền bù và tái định cư đối với 283 hộ đất thổ cư (khu vực hoa   thị, đảo cỏ và tuyến nhánh của nút giao Phú Thượng), bàn giao trước ngày   15/1/2012. 
 
 UBND   thành phố cũng yêu cầu đối với dự án xây dựng đường nối cầu Nhật Tân -   sân bay Nội Bài, huyện Đông Anh phải kết thúc công tác đền bù và di dời   các hộ đất thổ cư trong tháng 1/2012 và bàn giao mặt bằng của chợ rau   Vân Nội, chợ tạm Vân Trì, các công trình điện hạ thế, đất nông nghiệp   của các hộ và đất tập thể trước ngày 31/12/2011.