Trước đó, quá trình thanh tra tại Tập đoàn Sông Đà và một số đơn vị thành viên, TTCP phát hiện tại DA này có một số vi phạm. Ngày 25.6.2004, Thủ tướng có văn bản giao Tổng công ty Sông Đà làm chủ đầu tư thực hiện DA khu đô thị mới Nam An Khánh. Tuy nhiên đến ngày 2.7.2006, HĐQT Tổng công ty Sông Đà có nghị quyết phê duyệt hợp đồng chuyển giao DA.

Theo đó, Tổng công ty Sông Đà và Công ty CP đầu tư phát triển đô thị và khu công nghiệp Sông Đà đã ký hợp đồng chuyển nhượng DA nêu trên (không có hạ tầng, không có văn bản báo cáo và phê duyệt của Thủ tướng CP) giá trị 155 tỉ đồng. Việc làm này, theo TTCP là đã vi phạm Nghị định 17/2006 của CP về hướng dẫn thi hành Luật Đất đai và Nghị định số 187/2004 về việc chuyển công ty nhà nước thành công ty cổ phần, đồng thời trái với tờ trình của Bộ Xây dựng và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng về DA này trước đó.

DA Nam An Khánh có diện tích sử dụng đất trên 288 ha trải dài theo đại lộ Thăng Long .