Theo đó, đường sắt khu đầu mối Thành phố Hồ Chí Minh có 8 tuyến qua địa phận Thành phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa-Vũng Tàu, Long An và tỉnh Tây Ninh, trong đó có 6 tuyến thuộc địa phận Thành phố Hồ Chí Minh.

Cụ thể, tuyến Trảng Bom-Hòa Hưng thuộc tuyến đường sắt Thống nhất Bắc Nam dài trên 39 km, điểm đầu là ga Trảng Bom (Đồng Nai), điểm cuối là ga Hòa Hưng (TP Hồ Chí Minh), đoạn đi trên cao dài 8,8km.

Tuyến đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh-Mỹ Tho-Cần Thơ dài 173,6 km, điểm đầu kết nối với đường sắt Trảng Bom-Hòa Hưng tại ga An Bình (Bình Dương), điểm cuối là ga Cái Răng (Cần Thơ), đoạn đi trên cao dài 11,82km.

Tuyến Thành phố Hồ Chí Minh-Nha Trang (đoạn đến Đồng Nai) dài gần 33km, đoạn đi trên cao dài 13,4km có điểm đầu là ga Thủ Thiêm (quận 2, Thành phố Hồ Chí Minh), điểm cuối là ga Bình Sơn (Đồng Nai).

Tuyến Thủ Thiêm-Cảng hàng không quốc tế Long Thành dài 37,3km, trong đó đoạn đi trên cao dài 11,8km, có điểm đầu là ga Thủ Thiêm (quận 2, Thành phố Hồ Chí Minh), điểm cuối là ga Cảng hàng không quốc tế Long Thành (Đồng Nai).

Dài 39,86 km trong đó đoạn đi trên cao dài 13,6km, tuyến Thành phố Hồ Chí Minh-Tây Ninh có điểm đầu kết nối với tuyến đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh-Mỹ Tho- Cần Thơ tại ga Tân Chánh Hiệp (quận 12, Thành phố Hồ Chí Minh), điểm cuối là ga Trảng Bàng (Tây Ninh).

Tuyến đường sắt chuyên dụng ra cảng Hiệp Phước dài 38,11 km, toàn tuyến đi trên mặt đất. Giai đoạn 1 tuyến có điểm đầu kết nối với tuyến đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh-Mỹ Tho-Cần Thơ tại ga Long Định (Long An), điểm cuối là ga cảng Hiệp Phước (huyện Nhà Bè, Thành phố Hồ Chí Minh). Giai đoạn 2, tuyến đường sắt này sẽ có điểm đầu là ga cảng Hiệp Phước còn điểm cuối là ga cảng Long An (Long An).

Quy hoạch chi tiết nêu trên căn cứ vào Quyết định số 568/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 8/4/2013 về việc “Phê duyệt Điều chỉnh Quy hoạch phát triển giao thông vận tải Thành phố Hồ Chí Minh đến năm 2020 và tầm nhìn sau năm 2020” và hai quyết định của Bộ Giao thông Vận tải là quyết định số 1556/QĐ-BGTVT ngày 6/6/2013 phê duyệt Quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối Thành phố Hồ Chí Minh và quyết định ngày 2563/QĐ-BGTVT ngày 27/8/2013 phê duyệt Quy hoạch chi tiết đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh-Cần Thơ.

Mục tiêu của quy hoạch nhằm chi tiết hóa quy hoạch tổng thể để lập kế hoạch đầu tư xây dựng các dự án nhằm hoàn thiện mạng tuyến đường sắt, cũng như vị trí, quy mô các khu vực ga lớn, các đầu máy, toa xe, các cơ sở công nghiệp phục vụ vận tải đường sắt trong đầu mối đường sắt khu vực Thành phố Hồ Chí Minh và vùng phụ cận; làm cơ sở triển khai các dự án đầu tư xây dựng công trình đường sắt trong khu đầu mối Thành phố Hồ Chí Minh.