Theo quy hoạch, Khu kinh tế Năm Căn có địa giới hành chính bao gồm thị trấn Năm Căn, xã Hàm Rồng, xã Hàng Vịnh và ấp Ong Do của xã Đất Mới với tổng diện tích tự nhiên là 10.801,95 ha, dân số hiện trạng (2011) là 34.496 người.

Đến năm 2020, đất xây dựng đô thị và khu phi thuế quan khoảng 875 ha, trong đó đất khu phi thuế quan khoảng 320 ha, chỉ tiêu đất dân dụng giai đoạn này đạt 90 - 110 m2/người. Đến năm 2030, đất xây dựng đô thị và khu phi thuê quan khoảng 2.170 ha, trong đó đất khu phi thuế quan khoảng 800 ha, chỉ tiêu đât dân dụng giai đoạn này đạt 100 - 130 m2/người.

Khu phi thuế quan được bố trí tại trung tâm khu kinh tế, gắn kết với vùng phát triển đô thị qua các trục giao thông như quốc lộ 1A, sông Cửa Lớn và các đường ngang của khu kinh tế. Khu phi thuế quan gồm: Khu quản lý gồm 02 khu phía Bắc và phía Đông đô thị Năm Căn, tiếp giáp quốc lộ 1A và sông Cửa Lớn có diện tích đến năm 2030 khoảng 100 ha; Khu thương mại dịch vụ nằm tại phía Bắc khu quản lý số 1, tiếp giáp quốc lộ 1A có diện tích đến năm 2030 khoảng 200 ha; Khu công nghiệp tập trung có diện tích đến năm 2030 khoảng 500 ha.

Hệ thống đô thị tại Khu kinh tế Năm Căn bao gồm Đô thị Năm Căn (tại thị trấn Năm Căn hiện hữu), hai đô thị chuyên ngành là Đô thị Hàm Rồng về phía Bắc và Đô thị Đất Mới tại trung tâm khu kinh tế.

Đô thị Năm Căn nằm tiếp giáp sông Cửa Lớn ở phía Nam, rạch Ông Tình ở phía Bắc. Quy mô đất xây dựng đô thị đến năm 2030 khoảng 1.370 ha và là đô thị loại III, trung tâm hành chính - chính trị, kinh tế, ván hóa, khoa học kỹ thuật của huyện Năm Căn và tiểu vùng phía Nam tỉnh Cà Mau; Trung tâm dịch vụ du lịch sinh thái rừng ngập mặn; Trung tâm thương mại - dịch vụ phía Nam vùng tỉnh Cà Mau.

Đô thị Hàm Rồng nằm ở phía Bắc khu kinh tế, tiếp giáp sông Bảy Háp. Quy mô đất xây dựng đô thị đến năm 2030 khoảng 300 ha có tính chất là đô thị chuyên ngành thương mại - dịch vụ, sản xuất tiểu thủ công nghiệp.

Đô thị Đất Mới nằm ở phía Tây quốc lộ 1A và kênh tắc Năm Căn. Quy mô đất xây dựng đô thị đến năm 2030 khoảng 55 ha có tính chất là đô thị chuyên ngành dịch vụ của khu kinh tế.

Khu kinh tế Năm Căn có phía Bắc giáp huyện Cái Nước, huyện Phú Tân và huyện Đầm Dơi (bờ Nam sông Bảy Háp); Phía Nam giáp huyện Ngọc Hiển (bờ Bắc sông Cửa Lớn); Phía Đông giáp xã Hiệp Tùng huyện Năm Căn; Phía Tây giáp phần còn lại của xã Đất Mới và xã Lâm Hải, huyện Năm Căn.