Cụ thể, qua thanh tra công tác phòng, chống tham nhũng tại Bệnh viện Xây dựng, đoàn thanh tra đã kiến nghị, xử lý thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động liên kết trong 3 năm (từ năm 2006-2008) với số tiền hơn 127,4 triệu đồng. Cùng với đó là, xử lý thuế thu nhập cá nhân từ hoạt động liên kết trong 2 năm (2006, và 2007) với số tiền hơn 69,4 triệu đồng. Đồng thời, xử lý thuế thu nhập cá nhân của cán bộ, nhân viên thuộc bệnh viện và các cá nhân không thuộc biên chế của bệnh viện trong 2 năm (2010, và 2011) với số tiền hơn 101,9 triệu đồng.

Trong khi đó, thanh tra công tác quản lý đầu tư xây dựng đối với Công ty Cổ phần Xây lắp Dầu khí Thanh Hóa; Dự án Xây dựng hạ tầng KCN1 và khu tập kết vật tư, thiết bị xây dựng Khu liên hợp Lọc hóa dầu Nghi Sơn và Dự án Khách sạn Lam Kinh (thuộc Tổ hợp Thương mại dịch vụ tại Thanh Hóa), Thanh tra Bộ Xây dựng phát hiện, công trình xây dựng không đúng với thiết kế cơ sở và giấy phép xây dựng về chiều cao, diện tích. Cụ thể, công tác lập, thẩm tra thiết kế, dự toán chưa đúng với quy định làm tăng giá trị dự toán với số tiền gần 1,7 tỷ đồng. Công tác thẩm tra dự toán điều chỉnh chưa đúng với quy định làm tăng giá trị dự toán điều chỉnh hơn 5,7 tỷ đồng. Đáng chú ý, công tác nghiệm thu, thanh toán còn một số tồn tại làm tăng giá trị thanh toán với số tiền hơn 8 tỷ đồng.